Jiří Stivín se zabývá interpretací předklasické hudby na zobcovou flétnu od roku 1975. Kromě hudby předklasické se intenzivně věnuje jazzu, skládání a improvizované Nové hudbě, přičemž vedle saxofonů, klarinetu a příčné flétny používá také flétny zobcové a různé lidové píšťaly. Jako sólista spolupracuje s renomovanými hudebními tělesy (Virtuosi di Praga, Pražskými symfoniky, Slovenským komorním orchestrem, Pražskými madrigalisty, Due Boemi, Sukovým komorním orchestrem, Talichovým kvartetem), řídí vlastní soubory Collegium Quodlibet a Jiří Stivín and Co Jazz Quartet, vystupuje v sólových recitálech s cembalem, varhanami, kytarou, nebo hraje úplně sám a s magnetofonem. Již přes deset let má v každé koncertní sezóně Pražského symfonického orchestru FOK cyklus koncertů pod názvem "Flétny všeho druhu".